核探测技术与核电子学重点实验室属于所/校、中心/系两级管理，分为高能所部与科大部，高能所部由高能物理研究所实验物理中心负责，下设固体探测器、气体探测器、电子学实验室、数据获取、触发判选、探测器控制等主要研究课题组。科大部由中国科学技术大学理学院近代物理系负责，下设高能粒子探测器、核与放射线探测器核固体材料、实验物理电子学、应用核电子学等主要研究组。

　　核探测技术与核电子学重点实验室实行管理委员会领导下的室务委员会两级管理模式。

　　管理委员会由各自单位的主管领导、科研管理部门负责人、基层部门负责人，及国内外核探测技术与核电子学领域的资深专家、学者组成，任期五年。管理委员会总体监督科研项目的组织、实施，审核经费的使用，促进并协调学科的技术转移。（附：重点实验室管理委员会名单）

室务委员会由管理委员会负责组建并任命，成员包括正、副室主任及双方单位各自选派的三名委员，任期五年。室务委员会全面负责重点实验室的建设、管理，保证重点实验室各项科研任务的有效、顺利开展。（附：重点实验室室务委员会名单）

　　室主任和副主任分别负责主持重点实验室双方的日常工作。